Das DZHW hat vom Frühjahr 2015 bis zum Sommer 2017 ein Forschungsdatenzentrum nach den Kriterien des Rats für Sozial- und Wirtschaftsdaten aufgebaut. Dies wurde wiederholt vom Wissenschaftsrat sowohl für das DZHW als auch für die Hochschul- und Wissenschaftsforschung insgesamt gefordert, um entsprechende Lücken in der Forschungsdateninfrastruktur zu schließen. Mit dem FDZ-Aufbau steht eine dauerhaft gesicherte Forschungsinfrastruktur für die Scientific Community bereit, die einen transparenten Zugang zu anonymisierten Mikrodaten über verschiedene Datenzugangswege gewährleistet. Zu wissenschaftlichen Nutzungszwecken werden Daten als Scientific Use Files (SUF) bereitgestellt. Je nach Sensitivität der Daten und Anonymisierungsgrad stehen die Daten als Download, über einen Remote-Zugriff oder über Gastwissenschaftlerarbeitsplätze zur Verfügung. Absolut anonymisierte Daten für Lehrzwecke werden in Form von Campus Use Files (CUF) generell als Download bereitgestellt.
Ein Schwerpunkt wurde in der Aufbauphase auf die Erstellung von SUFs und CUFs aus dem umfangreichen Datenbestand der DZHW-Primärforschungsprojekte gelegt. Eine im Projekt geschaffene Website mit einem Rechercheportal der verfügbaren Datensätze sorgt zusätzlich für Transparenz über das Datenangebot und weitere Services. Das Aufbau-Projekt wurde durch einen extern besetzten Projektbeirat mit Mitgliedern aus der Wissenschaft und anderen Forschungsdatenzentren unterstützt. Seit dem 1. Juni 2017 befindet sich das FDZ im regulären Betrieb.
