Die staatlichen Hochschulen Berlins erhielten einen Teil der staatlichen Zuschüsse aus der Basis eines Verfahrens der Leistungsbezogenen Mittelvergabe (LbMV). Dieses Verfahren galt an Universitäten und Fachhochschulen für die Haushaltsjahre 2002 bis 2011. An künstlerischen Hochschulen wurde es von 2005 bis 2011 eingesetzt. Es war in den Hochschulverträgen verankert und in ein weiter gefasstes Kennzahlen- und Berichtssystem eingebettet.
Zunächst war vorgesehen, dass alle Hochschulen die Ergebnisse sowohl des Kennzahlen- und Berichtssystems als auch der Mittelvergabe eigenständig berechnen. HIS hat im Rahmen seiner Tätigkeit für das Berliner Kennzahlenprojekt ab dem Basisjahr 2003 die Kennzahlenberechnung für die künstlerischen und Fachhochschulen Berlins übernommen und seitdem jährlich fortgesetzt. Auf der Datenbasis des Jahres 2003 hat HIS die Verteilergebnisse für das Haushaltsjahr 2005 modellhaft berechnet und mit den von den Hochschulen berechneten Ergebnissen verglichen. Für die Haushaltsjahre 2004 bis 2011 hat HIS die Berechnung der LbMV-Ergebnisse vollständig übernommen.
Die Eingangsdaten, Berechnungsergebnisse und Rechenmethodik hat HIS regelmäßig mit den Hochschulen und der Senatsverwaltung abgestimmt. In den Zeitraum der von HIS vorgenommenen Berechnungen fiel insbesondere die Umstellung auf das gestufte Studiensystem. Diese hatte enormen Einfluss auf die Aussagekraft des Kennzahlensets sowie auf die Verteilwirkungen. Entsprechend waren mehrfach Klarstellungen und Erweiterungen zum Verteilverfahren vorzunehmen. Die von HIS für die Zwecke der LbMV entwickelten Problemlösungen fanden Eingang in die Methodenentwicklung des Ausstattungs-, Kosten- und Leistungsvergleichs. Nach der von HIS vorgenommenen Evaluation der LbMV wurden mehrere (im Falle der künstlerischen Hochschulen weitreichende) Änderungen am Verfahren für die Haushaltsjahre 2010 und 2011 vereinbart und von HIS umgesetzt.
Die von HIS vorgenommenen Arbeiten wurden durch die Senatsverwaltung und die Hochschulen in Berlin zusatzfinanziert. Die Ergebnisse standen nur den Projektbeteiligten zur Verfügung.
In den Hochschulverträgen 2010 bis 2013 wurde zwischen den Hochschulen und der Senatsverwaltung Berlin die Ablösung der LbMV durch ein neu konzipiertes leistungsbasiertes Hochschulfinanzierungssystem ab dem Haushaltsjahr 2012 vereinbart. Anders als die LbMV basiert dieses nicht mehr auf den Daten des Berliner Kennzahlenprojekts. Die Datenbereitstellung und Ergebnisberechnung für dieses System erfolgt eigenständig durch die Hochschulen und die Senatsverwaltung in Berlin.
